Mil años despues de la gran guerra, aparece un dictador. Formando un terrible Imperio, Gestahl, quien encontró la entrada secreta al mundo de los Esper. Extrayendo la magia de los Esper y usándola para crear máquinas con un poder mágico devastador, el Imperio planea dominar el mundo. Sin importar quien o qué se ponga por delante o los medios que sean necesarios para completar sus planes.

La próxima parada del Imperio es Narshe, la ciudad minera. En una de sus cavernas encontraron restos de un Esper congelado en un estrato geológico de mil años de antiguedad, por lo que Gestahl planea un ataque.

Junto a dos soldados Magitec, Terra, se adentrará en las minas para buscar al Esper congelado, aunque del modo en que sucederán los acontecimientos, conocerá a Locke quien la llevará ante Edgar, el Rey de Fígaro, para entablar un acuerdo con el grupo rebelde anti imperialista conocido como los Replicantes, cuyo líder, Banon, pretende proteger de las malvadas fuerzas imperiales al Esper congelado que yace en las minas de Narshe.

Muchos guerreros se unirán a los Replicantes en busca de justicia, venganza, o simplemente por que no tienen nada mejor que hacer en la vida.